Publikacja w Molecular Ecology Resources: Sekwencjonowanie nowej generacji umożliwia badania rodzin genów odpowiedzi odpornościowej u dzikożyjących kręgowców.

Archiwum,Archiwum 2016,Publikacje

[fusion_builder_container background_color=”” background_image=”” background_parallax=”none” enable_mobile=”no” parallax_speed=”0.3″ background_repeat=”no-repeat” background_position=”left top” video_url=”” video_aspect_ratio=”16:9″ video_webm=”” video_mp4=”” video_ogv=”” video_preview_image=”” overlay_color=”” overlay_opacity=”0.5″ video_mute=”yes” video_loop=”yes” fade=”no” border_size=”0px” border_color=”” border_style=”” padding_top=”20″ padding_bottom=”20″ padding_left=”” padding_right=”” hundred_percent=”no” equal_height_columns=”no” hide_on_mobile=”no” menu_anchor=”” class=”” id=””][fusion_builder_row][fusion_builder_column type=”1_1″ last=”yes” spacing=”yes” center_content=”no” hide_on_mobile=”no” background_color=”” background_image=”” background_repeat=”no-repeat” background_position=”left top” hover_type=”none” link=”” border_position=”all” border_size=”0px” border_color=”” border_style=”” padding=”” margin_top=”” margin_bottom=”” animation_type=”” animation_direction=”” animation_speed=”0.1″ animation_offset=”” class=”” id=””][fusion_text]Badanie wielokrotnie zduplikowanych, ko-amplifikujących genów takich jak te należące do głównego kompleksu zgodności tkankowej (ang. major histocompatibility complex, MHC) jest wyzwaniem nawet w erze sekwencjonowania wysokoprzepustowego nowej generacji (ang. high-throughput sequencing, HTS lub new generation sequencing, NGS). Jednak to właśnie te geny odgrywają zasadniczą rolę w koewolucji wielu dzikożyjących gatunków i ich pasożytów, wpływają też na odporność gatunków zagrożonych wyginięciem na choroby. W ostatnim artykule w Molecular Ecology Resources (link) Alvaro Sebastian, Magdalena Migalska i Jacek Radwan (Pracownia Biologii Ewolucyjnej IBŚ) wraz z Aleksandrą Biedrzycką (Instytut Ochrony Przyrody PAN) i Heleną Westerdahl (Lund University) wykazali, że badania takich skomplikowanych rodzin genów u wolnożyjących gatunków są już możliwe, a to dzięki znacznemu podwyższeniu przepustowości nowoczesnych technik sekwencjonowania.

W badaniach wykorzystano zduplikowane próbki oraz symulację komputerową aby sprawdzić efekt liczby odczytów (500- 20 000 na próbkę uzyskaną od jednego osobnika) na powtarzalność genotypowania czterech różnych metod. Autorzy potwierdzili, że HTS jest użytecznym i dokładnym narzędziem genotypowania dziesiątek ko-amplifikujących loci, o ile otrzyma się wystarczająco wysoką liczbę odczytów (powyżej 5000 na próbkę) dla pojedynczego amplikonu. Metoda „Adjustable Clustering” wykorzystująca rozwinięty w Pracowni Biologii Ewolucyjnej program AmpliSAS (Sebastian et al. 2016) jest nie tylko najprostsza w użyciu, ale również okazała się być najbardziej powtarzalna. AmpliSAS jest dostępny on-line na stronie Pracowni Biologii Ewolucyjnej.[/fusion_text][/fusion_builder_column][/fusion_builder_row][/fusion_builder_container]